1992–2007

Hiệu trưởng: Giáo sư – Nhà giáo Nhân dân Lê Trí Viễn (1918–2012)

Hiệu phó: Nhà giáo Nguyễn Ngọc Phấn (1924–2007)

2007 – 2018

Hiệu trưởng:

Tiến sĩ Lê Trọng Tín, tiến sĩ hoá học, nguyên Trưởng Khoa Hoá học – Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh, Hiệu trưởng hệ thống các trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Tiến sĩ Lê Phi Thuý, tiến sĩ hoá học, nguyên Phó Trưởng Khoa Hoá học – Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh, Hiệu trưởng Trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tại tỉnh Bình Dương.

Hiệu phó:

• Nguyễn Yên Chi
• Hoàng Thái Dương – Trưởng Bộ môn Tiếng Anh
• Phạm Đức Cường – Trưởng Bộ môn Vật lí
• Nguyễn Hào Hiệp
• Trần Thị Yến

Từ năm 2019

Hiệu trưởng (hệ thống các trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tại Thành phố Hồ Chí Minh):

Hoàng Thái Dương, Trưởng Bộ môn Tiếng Anh

Hiệu phó (hệ thống các trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tại Thành phố Hồ Chí Minh):

• Nguyễn Yên Chi
• Phạm Trần Bích Vân
• Đỗ Văn Trị – Trưởng Bộ môn Ngữ văn

Hiệu trưởng (Trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tại tỉnh Bình Dương)

Nguyễn Hào Hiệp, nguyên Hiệu trưởng Trường THPT Trần Phú (TP. HCM)

Hiệu phó (Trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tại tỉnh Bình Dương):

• Phạm Đức Cường – Trưởng Bộ môn Vật lí
• Tiến sĩ Lê Phi Thúy

Hiệu trưởng (Trường TH – THCS – THPT Lê Thánh Tông): Đỗ Văn Trị